Прошла два года после событий, которые были описаны в конце первого сезона. Наруто вырос и стал сильнее. Он возвращается из путешествия, в которое отправлялся вместе со своим учителем – одним из трёх знаменитых санинов. Он многому научился и вновь отправляется на поиски своего бывшего товарища по команде – Саске. Однако тот тоже не терял времени даром и серьёзно поднял свой уровень ниндзя. Орочимару всё ещё обучает его и лелеет в своём воспалённом мозгу мысль о переселении в это желанное тело. Благодаря стараниям Конохи в прошлом ему не удалось завладеть телом Саске, однако теперь ему уже не смогут помешать ниндзя деревни огня. Однако выживший из клана Учиха тоже не лыком шит и просто с ним не сладить.
В общем можно сказать, что все сверстники Наруто сильно выросли за прошедшее время и теперь являются надеждой деревни на будущее. Как и предсказывал третий Хокаге, именно они продолжат праведное дело своих предшественников и собратьев по оружию. Акацки в свою очередь активизируются и начинают действовать широкомасштабно. Пока ещё их цели остаются неизвестными, однако остановить их необходимо и это абсолютно точно. Именно они представляют самую большую опасность для всей страны Огня.
