Миядзаки, второй из четырёх сыновей, родился в городе Akebono-cho, который является частью Tokyo’s Bunkyō. Во время Второй мировой войны отец Миядзаки, Катсуджи, был директором Miyazaki Airplane, принадлежащей его брату (дяде Миядзаки), которая выпускала рули для военных самолётов A6M Zero. В этот период Миядзаки стал интересоваться самолётами и это переросло в увлечение, которое наложило свой отпечаток на многие его фильмы.
Мать Миядзаки была заядлым книголюбом, что в то время было сомнительным увлечением с точки зрения общественных норм. Позже Миядзаки сказал, что пытливый и скептический ум он унаследовал от неё. С 1947 по 1955 его мать проходила лечение от болезни Потта. Первые несколько лет были проведены в больнице, но, в конце концов, она смогла лечиться дома.
Легенда о Белой Змее - The Tale of the White Serpent (Hakujaden)
В детстве Миядзаки был вынужден несколько раз менять школу. Это частично повлияло на его фильмы. Сначала, когда ему было 3, семью Миядзаки эвакуировали из Bunkyō. Он пошёл в школу для эвакуированных в 1947 году. В 9 лет его семья вернулась домой, но через год он перешёл в школу с американским уклоном. Миядзаки учился в средней школе Toyotama. На третьем году обучения он увидел фильм Hakujaden (Легенда о Белой Змее), который анонсировался как «первый Японский полнометражный аниме фильм». После окончания средней школы Миядзаки поступил в университет Gakushuin, который закончил в 1963 году, получив степень по политологии и экономике. Он был членом «Детского Литературного исследовательского клуба», что-то вроде клуба комиксов в те дни.
