После успеха Навсикая из Долины Ветров, Миядзаки совместно с Такахата основал анимационную компанию Студия Гибли в 1985 и в дальнейшем практически все его работы были созданы там. Следующие три фильма Миядзаки получили признание. Небесный замок Лапута (1986) рассказывает о приключениях двух сирот, ищущих волшебный замок-остров, который плывёт по небу; Мой сосед Тоторо (Tonari no Totoro, 1988) рассказывает о приключениях двух девочек и их общении с лесными духами; Ведьмина служба доставки (1989), адаптированная новелла Эйко Кадоно, рассказывает историю о девушке из маленького городка, которая покидает свой дом, чтобы начать жизнь в большом городе. Все три фильма пропитаны любовью Миядзаки к полётам: летающие орнитоптеры пиратов в Небесном замке, летающий автобус в Тоторо, и летающая метла ведьмы.
Порко Россо (1992) был необычным для Миядзаки фильмом, так как главный герой здесь — взрослый мужчина, лётчик антифашист, который трансформируется в бесформенную свинью. Действие фильма происходит в Италии 1920-х и главный герой — охотник за головами, американский солдат удачи, сражающийся с воздушными пиратами. Фильм раскрывает противоречие между эгоизмом и долгом. Так же картину можно рассматривать как абстрактный автопортрет создателя; в подтексте можно увидеть фальсифицированную автобиографию. Как и многие его фильмы, он содержит много юмора и очарования, а так же отсылает зрителя к американским фильмам 1930-х и 1940-х годов. Например, Порко Россо во многом похож на американского киноактёра Хамфри Богарта.
Принцесса Мононокэ (Mononoke Hime, 1997) возвращается к темам экологии и политики, которые были затронуты в Навсикая из Долины Ветров. Внимание акцентируется на противостоянии между духами животных, обитающих в лесу и людьми, которые уничтожают лес в промышленных целях. Оба фильма критикуют негативное воздействие человека на природу и изображают военных в негативном свете. Принцесса Мононокэ считается одним из самых жестоких его фильмов. Картина имела огромный успех в Японии, где стала самым кассовым фильмом всех времён и в результате была названа лучшей картиной на Japanese Academy Awards. После Принцессы Мононокэ Миядзаки временно отошёл от дел.
Унесённые призраками - Spirited Away (Sen to Chihiro no Kamikakushi)
В период своего такого небольшого отпуска Миядзаки проводил время с дочерьми друга, одна из которых вдохновила его на создание аниме Унесённые призраками (Sen to Chihiro no Kamikakushi, 2001). Унесённые призраками это история о девушке, пытающейся выжить в странном мире духов, после того как её родителей превратила в свиней злая колдунья, владеющая этим миром. Выйдя в Японии в июле 2001, фильм превзошёл все рекорды, собрав около $300 млн. Фильм набрал более 23 миллионов просмотров. Он получил множество наград, в том числе: лучший фильм 2001 по версии Japanese Academy Awards, Золотой Медведь (1 приз) на Берлинском кинофестивале в 2002, и награда кино-академии за лучший полнометражный анимационный фильм 2002. В июле 2004 Миядзаки завершил производство фильма Ходячий замок, экранизации фантастического романа Дианы Уинн Джонс. Миядзаки вернулся с отдыха после внезапного ухода первоначального режиссёра — Хосода Мамору. В 2004 фильм участвовал в Венецианском международном кинофестивале и выиграл приз Golden Osella за анимационные технологии. 20 ноября 2004 Ходячий замок был открыт для широкой публики в Японии, где собрал ¥1,4 млрд. за первые два дня. Англоязычная версия была позже выпущена в США компанией Уолт Дисней.
В 2005 Миядзаки получил награду за жизненные достижения на Венецианском кинофестивале. В том же году китайские СМИ сообщили, что последняя картина Миядзаки — I Lost My Little Boy, будет основана на китайской книге для детей. Позже это оказалось фальшивой новостью.
В 2006 сын Миядзаки — Gorō Miyazaki завершил свой первый фильм — Сказания Земноморья (Gedo Senki — Tales from Earthsea), основанный на нескольких рассказах, которые написала Ursula K. Le Guin. Хаяо Миядзаки уже давно хотел сделать аниме по этой работе и неоднократно просил разрешения у автора, Урсулы К. Ле Гуин. Однако каждый раз получал отказ. Вместо этого Миядзаки создаёт Навсикая из Долины Ветров и Путешествие Сюны (Shuna no Tabi), как альтернативу (многие идеи из Shuna no Tabi совпадали с этим фильмом). Когда Ле Гуин всё-таки попросила Миядзаки создать аниме версию её работы, он отказался, потому что уже утратил желание делать это.
В процессе создания фильма Горо и отец не разговаривали друг с другом из-за разногласий по поводу того, готов Горо быть режиссёром или нет. Изначально фильм должен был создавать Хаяо Миядзаки, но он отказался, т.к. был на полпути к созданию Ходячего замка. Поэтому в Гибли решили передать фильм Горо.
В 2006 Nausicaa.net сообщили, что Хаяо Миядзаки работает над новым фильмом в городе Кобе. При работе команда Миядзаки посетила различные известные места, например, старое кафе, коим владеет пожилая пара и площадку в горах, с которой открывается живописный вид на город. Точное местонахождение этих достопримечательностей было скрыто студией Гибли. Студия так же объявила, что Миядзаки приступил к раскадровке фильма и что он будет нарисован акварелью, что придаст картине необычный стиль. Студия Гибли заявила, что процесс создания фильма займёт около 20 месяцев и релиз будет назначен на лето 2008.
В 2007 было официально объявлено название Gake no ue no Ponyo, буквально — Поньо на утёсе. История вращается вокруг пятилетнего мальчика, Sousuke, и золотой рыбки, Принцессы, которая хочет стать человеком. Президент Студии Гибли Toshio Suzuki отметил, что 70-80% сюжета фильма происходит в море. Это был вызов для режиссёра, так как нужно было выражать суть моря и волн, работая вручную. Фильм не содержит компьютерных изображений, в отличие от других недавних работ Миядзаки. Поньо был выпущен в Японии в июле 2008, затем в Северной Америке и Великобритании в 2009 и 2010 годах соответственно.
В сентябре 2009 появилось сообщение, что Хаяо Миядзаки подписал контракт со Студией Гибли на создание ещё двух полнометражных фильмов в течение следующих трёх лет.
