В апреле 1963 года Миядзаки получил работу в Toei Animation, работая в качестве художника над аниме Верные слуги-псы (Wanwan Chushingura). Он стал лидером при обсуждениях практически сразу после начала работы. Именно поэтому Миядзаки получает должность главного секретаря профсоюза Toei в 1964. Впервые он получил признание, работая художником над картиной Путешествия Гулливера на Луну (Garibā no Uchuu Ryokō) в 1965. Ему не нравился оригинальный конец фильма и поэтому он развил свою собственную идею, которая и стала концовкой. В октябре 1965 года он женился на коллеге-аниматоре Акеми Ота, которая впоследствии оставила работу, чтобы растить их сыновей: Gorō и Keisuke.
Космические путешествия Гулливера - Gulliver's Travels Beyond the Moon (Gulliver no Uchuu Ryokou)
В 1968 году Миядзаки играет важную роль в качестве главного аниматора, концепт-художника и сценического дизайнера в Hols: Prince of the Sun — анимационный фильм режиссёра Исао Такахаты, с которым он продолжает сотрудничать в течение следующих трёх десятилетий. В Kimio Yabuki’s Puss in Boots (Кот в сапогах, 1969) Миядзаки опять становится ключевым аниматором, работая над дизайном, раскадровкой и идеями для ключевых сцен фильма (в том числе и кульминационная сцена погони). Вскоре после этого Миядзаки предложил несколько сцен для сценария фильма Летающий Корабль-Призрак в которых танки появляются в центре Токио вызывая массовую истерию и был нанят для работы над раскадровкой и оживлением этих сцен. В 1971 Миядзаки сыграл решающую роль в разработке структуры, персонажей, и дизайна для фильмов Звериный Остров Сокровищ (Dōbutsu Takarajima) и Али-Баба и сорок разбойников (Aribaba to Yonjuppiki no Tozoku), а так же сделал раскадровку и анимацию для ключевых сцен.
